A Presidência é a diretoria responsável pela liderança e o direcionamento da Atlética em relação aos projetos e atividades no decorrer do ano. A Presidência, composta por um Presidente e um Vice-Presidente, elabora e adapta da melhor forma os planejamentos mensais, semestrais e anuais de todas as demais diretorias da Atlética, assumindo uma função de intersecção entre elas, fazendo com que os projetos colaborem um com o outro e não conflitem. A Presidência também conta com o representante legal da Atlética em cartório e assume diversas responsabilidades burocráticas. Por fim, o Presidente costuma assumir a maior parte das responsabilidades externas, seja na comunicação com a LAAUSP (Liga das Atléticas Acadêmicas da USP), com outras atléticas, com patrocinadores e outros; enquanto o Vice-presidente assumir a coordenação e a qualidade interna da Atlética, além de ser o substituto direto do Presidente em caso de ausência.